Una de las grandes incógnitas de la investigación es lo ocurrido en el centro de control de ADIF en Atocha para que no avisaran a las Fuerzas de Seguridad y a las Emergencias de que había dos trenes accidentados.

La Guardia Civil se enteró porque un pasajero del Alvia llegaba caminando por las vías desde el otro convoy accidentado. Los pasajeros del Alvia estuvieron 45 minutos sin ser atendidos hasta que llegaron las primeras emergencias. Los primeros Guardias Civiles que auxilian al Iryo desconocen que hay otro tren implicado, hasta que los pasajeros de ese segundo tren, el Alvia, les piden ayuda.

La colisión de los dos trenes se produjo a las 19 horas y 43 minutos. A las 19.44, el 112 recibe la primera llamada alertando de un vuelco en Adamuz. A las 19.45 el conductor del Iryo llama al centro de control de Atocha. El maquinista inspecciona la zona y realiza una segunda llamada, a las 19.49, para informar de la gravedad y pedir ayuda.

Desde Atocha no le dicen que hay otro tren implicado, a pesar de estar hablando en ese mismo momento con la interventora del Alvia. A las 20.00 llega la primera patrulla de la Guardia Civil al Iryo accidentado. A las 20.01, Adif le dice al 112 que por lo visto hay otro tren en la vía contigua.

A las 20.13, Adif informa en redes sociales de los dos trenes siniestrados. La Guardia Civil, tras ser avisada por los pasajeros del Alvia, localiza el segundo tren a las 20.15. Y a las 20.30 llegan al lugar de los hechos el primer medio sanitario y más patrullas de la Guardia Civil.