No lo recuerdo muy bien, Pero creo recordar que no podían optar a un puesto de trabajo relacionado con el Ministerio de Defensa. Policías autonómicas o estatales. y no sé si a la Administración del Estado.
lo que si sé es que lo del Servicio Civil Sustitutorio , al menos para los casos que conocí era un camelo, el chico no aparecía y continuaba con sus actividades normales.
Por supuesto no les quitaba derechos formales.

Hasta donde recuerdo, el Servicio Civil Sustitutorio no les quitaba derechos. Pero basta con mirar el BOE de su implantación

Cuando se comenzó con esa parida de la objeción de conciencia, (Si renuncia a participar en la defensa común, tampoco la sociedad se debe sentir obligada a su defensa, tanto militar como policial) los que optaban por ese régimen se le imponía unas obligaciones de carácter civil que incluso les detraian más tiempo que el propio servicio militar, amén de no poder optar a un puesto de trabajo relacionado con la administración y otros que ahora no recuerdo.
Pero esa era una gran farsa, de hecho era un coladero para no hacer la mili, pues no hacían el servicio civil. Obviamente las auroridades eran cómplices de esta estafa a la sociedad y una ofensa a los chicos honrados que si hacían la mili, tanto la normal como la IPS.